En gynækologisk MR-scanning kan være et nyttigt supplement til en standard gynækologisk undersøgelse og ultralydsscanning, når ultralyd ikke giver en klar diagnose.
Scanningen giver detaljerede billeder af skede, livmoder og æggestokke og kan blandt andet afsløre cyster på æggestokkene, muskelknuder, endometriose og misdannelser af livmoderen. Den kan som regel skelne mellem godartede og ondartede fund.

En gynækologisk MR-scanning er dog ikke velegnet ved gener i overgangsalderen og kan heller ikke påvise celleforandringer.